mv -i something.conf{,~} && sed "/regexp/s/^/#/" something.conf
Команда mv -i something.conf{,~} && sed "/regexp/s/^/#/" something.conf создает резервную копию конфигурационного файла something.conf, затем закомментирует все строки, соответствующие регулярному выражению «regexp» в оригинальном файле.