files -type f | xargs -n100 | while read l; do mkdir $((++f)); cp $l $f; done
Эта команда использует find для поиска всех файлов в текущей папке и её подпапках, а затем с помощью xargs разбивает их на группы по 100 файлов. Далее, с помощью цикла while, создаются папки с числовыми именами и в каждую из них копируются файлы из соответствующей группы. Таким образом, файлы упорядочиваются в папках, содержащих не более 100 файлов.
Альтернативой может быть использование скрипта на языке программирования, такого как Python, чтобы более гибко управлять этой задачей и добавить дополнительные функции по вашему выбору.