git rm $(git ls-files --deleted)
Удалить все ручно удаленные файлы в Git:
— git ls-files --deleted находит все удаленные файлы.
— git rm $(...) удаляет их из индекса и файловой системы.
— Полезно для очистки индекса от удаленных файлов.
— Альтернатива: git add -u для удаления измененных и удаленных файлов из индекса.