git rm $(git ls-files --deleted)
Команда git rm $(git ls-files --deleted) удаляет из индекса Git все файлы, которые были помечены как удаленные. Это полезно, когда вы хотите удалить файлы, которые были удалены в вашем рабочем каталоге, чтобы они больше не отслеживались Git. Альтернативным подходом может быть использование команды git add -u, которая также обновит индекс Git, удаляя файлы, помеченные как удаленные.